感染病原菌不断变迁上世纪60年代以前，外科感染病原菌以金黄色葡萄球菌和化脓性链球菌为主； 70年代以后，革兰阳性（G+）球菌的优势地位逐渐被革兰阴性（G-）杆菌所代替，主要是以大肠杆菌为代表的肠道杆菌科细菌； 到了90年代，国内、外都注意到G+球菌引起的感染又有增多趋势，其中凝固酶阴性葡萄球菌和肠球菌的增多尤为突出。在G-需氧杆菌中，肠杆菌属（阴沟杆菌、产气杆菌）、绿脓杆菌、不动杆菌、枸橼酸杆菌等越来越常见，过去鲜为人知的嗜麦芽窄食单胞菌在重症感染患者中也屡见不鲜。随着厌氧菌培养技术的普及，厌氧菌感染和有厌氧菌参与的混合细菌感染以及外科危重患者深部真菌感染，越来越多地引起人们的关注。目前在我国，最常见的外科感染病原菌是金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和绿脓杆菌，三者共占病原菌的50%以上。其他比较常见的细菌是肠杆菌属、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌、不动杆菌和克雷伯菌属。G-杆菌仍占优势，约占60%～65%,G+球菌约占30%～35%。另外还有少量真菌。
每位外科医师均会遭遇到外科感染，这是手术技术自身所决定了的，外科手术必然破坏人体宿主抵抗力的第一道防线皮肤和粘膜屏障，使得细菌得以进入体内。从外科发展历史看，因外科感染而死亡是很常见的，特别是在19世纪末叶以前，当时截肢术死亡率在25%~90%之间，美国内战时期则为50%左右，这主要是外源性感染所致。但从现代外科学观点看，外科感染的内涵已发生了许多重要变化，如医院内获得性感染超过了患者原有的感染； 体内的内源性正常菌群感染多于外源性致病细菌感染； 外科手术后的手术部位感染（surgical site infection，SSI）多于需要外科处理的一般化脓性感染。其中SSI已成为值得关注的临床课题。