目的 通过应用数据包络分析（DEA）方法对医院科室运营效率进行评价，分析DEA方法在医院临床科室相对效率评价中的价值。 方法 采用聚类分析等确定投入产出指标，采用DEA方法中C2R和BC2模型对2004年1月－2008年12月各科室相对效率进行评价和分析。 结果 70个被评价单元中有41个被评价单元的总体有效值为1，属于相对有效单元；29个被评价单元的C2R模型总体有效值＜1，属于相对无效单元。 结论 DEA方法适用临床科室相对效率评价多投入、多产出的特点，能够有效识别被评价单位中的无效单元，并且对于投入产出值能够指明导致无效的方向和需调整的程度，指导相关管理部门对科室的调整和资源投入方向。