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在人类表型本体论中对癫痫发作进行建模—根据当代ILAE概念使大的表型数据易于处理

癫痫的临床特征决定了如何定义癫痫，进而指导治疗。因此，在对癫痫病因、轨迹和治疗反应的研究中，考虑构成癫痫的基本临床实体至关重要。人类表型本体论（Human phenotype ontology，HPO）广泛应用于临床和遗传学研究中用于临床特征的简明交流和建模，其允许使用逻辑推理来协调提取的数据。我们试图重新设计HPO癫痫亚本体，以提高其与当前癫痫概念的一致性，同时支持在高通量临床和基因组研究中应用大型临床数据集。根据2017年国际抗癫痫联盟对癫痫发作类型的分类，我们创建了一个新的HPO癫痫亚本体，并在不同细节层次上整合了癫痫持续状态、热性惊厥、反射性发作和新生儿癫痫的概念。我们比较了修订前后的HPO癫痫亚本体，根据3个独立队列中791例患者的癫痫发作信息可以推断：其中2个独立队列的信息先前已发表过，还有150例患者是新招募的。每个队列的数据以不同的格式提供，并通过两个版本的HPO进行协调。新的癫痫亚本体将癫痫发作的描述性概念数量增加了5倍。可标注到队列中的癫痫发作描述符号数量增加了40%，关于个体癫痫发作的信息总量增加了38%。最重要的定性差异是局灶性进展为双侧强直-阵挛发作与全面起始和局灶起始发作的关系。我们已经生成了一个详细的当代概念图，用于协调临床癫痫发作数据，并在2020-12-07 HPO的官方版本中实施，并在hpo.jax.org免费提供。这将有助于克服基因组学中的表型瓶颈，促进有价值数据的再利用，并最终提高对癫痫的诊断和精准治疗。